稻瘟病菌MoYpt5和MoYpt7蛋白互作网络预测

Rab蛋白作为Ras超家族中最大的成员在囊泡运输过程中起分子开关作用。Rab5主要定位在囊泡和早期内涵体上，负责调控细胞内吞过程以及早期内涵体的融合；Rab7大多分布于晚期内涵体上，调控早期内涵体向晚期内涵体的转运过程。
　　稻瘟病菌(M.oryzae)基因组共有11个假定的Rab蛋白家族成员，序列分析MoYpt51(MGG_06241)、MoYpt52(MGG_01185)和MoYpt7(MGG_08144)和它们的同源蛋白都具有G结构域和可变的N端和C端组成。G结构域中具有5个高度保守的氨基酸序列RabF1-F5，它们可作为Rab蛋白鉴定的特征序列。另外还有4个保守序列可作为区分Rab蛋白亚家族的特征序列RabSF1-4。这说明Rab家族蛋白的功能结构域是十分保守的。系统进化分析表明它们与粗糙脉孢菌(N.crassa)和酿酒酵母(S.cerevisia)同源性较近，所以将酿酒酵母作为同源映射方法的模式真菌。
　　搜索多个大型蛋白互作数据库和文献数据支持，共得到数百个与核心蛋白互作的蛋白和互作对。利用信息处理技术和高效制图平台将这些蛋白互作对构建成互作网络。对网络的模块进行分离得到若干个具有生物学意义的模块，它们中有的参与了蛋白质降解的泛素途径，有的与囊泡介导的蛋白质胞内运输有关，有的在蛋白质、核酸的组装和修饰过程起重要作用等。从网络的拓扑特性上看，这些互作网络与随机网络相比具有明显无尺度网络特征和小世界属性，蛋白质间联系较为紧密，有一定的模块聚类特点。亚细胞内定位中大部分假定互作蛋白位于细胞质和质膜上，这与目标蛋白互作提供了空间上的可能性。
　　根据结合结构域分析结果，本研究选择了MGG_07137和MGG_04143进行一对一的酵母双杂交验证。预测蛋白MGG_07137与激活状态下MoYpt7存在一定程度的互作。大量文献表明它是MoYpt7重要调节因子，推测可能与失活状态的MoYpt7具有明显的互作；MGG_04143与MoYpt5和MoYpt7未发现互作迹象，这个蛋白可能不是它们直接互作的蛋白，但该蛋白结构域能与Ras家族特定的结构域互作推测它可能调节其它 Rab家族蛋白而不是直接作用于MoYpt5和MoYpt7编码的蛋白，或是需要某些修饰才能与目的蛋白互作，这需要其它的蛋白互作实验如免疫共沉淀，GST沉淀实验来进一步验证。